Se entiende por sistema de control el conjunto de procedimientos y acciones por los que el control se lleva a cabo. El sistema de control debe tener una estructura definida en función de las unidades organizativas a controlar, denominados centros de responsabilidad, y una serie de procedimientos referidos a cómo se realiza en la práctica el proceso de control.
Existen una serie de factores que influyen en el diseño de un sistema de control. Entre otros podemos destacar como uno de los principales la necesidad de una definición exacta y clara de la estructura organizativa que comprenderá entre otros aspectos la división de la empresa en segmentos. La dificultad del diseño del sistema de control radica en el establecimiento de los niveles de responsabilidad y, por tanto, en el grado de discrecionalidad para la toma de decisiones en cada uno de los niveles.
Por tanto habría que destacar como factor determinante para un correcto diseño del sistema de control el conocimiento y la definición clara del poder de decisión que se transfiere a cada responsable en cada centro. Y además es necesario que el sistema de control esté integrado con la estructura organizativa, de forma que los indicadores escogidos para realizar el control de gestión se definan en función de ella, y los presupuestos y la evaluación del desempeño de cada centro se realicen en función de sus responsabilidades.
El diseñador del sistema de control debe considerar la frecuencia con la que es probable que se planteen tales decisiones, la importancia relativa de cada una de ellas, qué personas deben estar involucradas y cuál debe ser la naturaleza de su función. Esto invariablemente lleva a la consideración explícita de la estructura organizativa de la empresa, que no es otra cosa que asignar a quién le corresponde tomar un determinado tipo de decisión basándose en su incidencia sobre una o varias áreas claves de negocio y a la información necesaria para adoptarla.
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